الف) دستگاه‌های اجرایی (وابسته به قوه مجریه) اختیارات خود در منطقه را به رئیس هیئت مدیره و مدیرعامل سازمان‌های مناطق آزاد تفویض نمایند.

ب) مدیران، رؤسا و سرپرستان دستگاه‌های اجرایی مستقر در مناطق آزاد به پیشنهاد رئیس هیئت مدیره و عامل سازمان و به حکم بالاترین مقام دستگاه اجرایی منصوب می ‏شوند.

در بند «الف» ماده (۳۵) قانون برنامه چهارم نیز دولت مکلف شده بود به منظور اعمال مدیریت واحد و ایجاد رشد اقتصادی مناسب در مناطق آزاد، مدیریت سازمان‌های مناطق آزاد را به نمایندگی از خود به بالاترین مقام اجرایی منطقه واگذار کند. همچنین طبق آن ماده کلیه دستگاه‌های اجرایی مستقر در مناطق آزاد به استثنای دستگاه‌های نهادی دفاعی و امنیتی مکلف شده بودند که ضمن رعایت ماده (۲۷) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب ۷/۶/۱۳۷۲ نسبت به اصلاح و رفع مغایرت‌های مقرراتی خود با مقررات مناطق آزاد اقدام نمایند. این موضوع در ماده (۱۱۲) قانون برنامه پنجم نیز تأکید شده است. با وجود آنکه قانون تکلیف را به خوبی مشخص کرده، در عمل تعارضاتی میان دستگاه‌های اجرایی مستقر در منطقه مشاهده می‌کنیم که موجب درست اجرا نشدن قانون است. ‌بنابرین‏ لازم است ضمانت‌های اجرایی برای آن ایجاد شود.

یکی از مشکلات اساسی مناطق آزاد در این زمینه، تناقض بین قانون مناطق آزاد و مصوبات شوراهای میان‌بخشی است. شوراهای میان‌بخشی در بدنه اجرایی کشور ماهیتاً با هدف تسریع و تسهیل قوانین موضوعه کشور ایجاد شده‌اند و مجاز نیستند به بهانه مشکلات اجرایی آن ها را در عمل کنار بگذارند یا خلاف اهداف قانون‌گذار عمل کنند.

درحال حاضر تنفیذ مصوبات این شوراها و دستگاه‌های اجرایی سرزمین اصلی، از مهمترین مشکلات مناطق آزاد است.

تناقض بین تصمیمات سازمان حفاظت از محیط زیست و منطقه آزاد ارس نیز یکی دیگر از نمونه های بارز در عدم مدیریت یکپارچه مناطق آزاد است که در بخش معضلات اختصاصی مناطق به آن اشاره خواهد شد.

گفتار دوم : سرمایه‌گذاری خارجی

علی‌رغم تصویب قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی و آیین‌نامه اجرایی نحوه واگذاری زمین و منابع ملی در مناطق آزاد در دهه هفتاد، تا کنون هیچ گونه قانون یا آیین‌نامه‌ای که نحوه واگذاری اراضی به سرمایه‌گذاران خارجی در مناطق آزاد را به طور مشروح و صریح مشخص نماید، تدوین و تصویب نگردیده است. این در حالی است که جذب سرمایه‌گذاران خارجی مستلزم اطمینان خاطر سرمایه‌گذار از انباشت و بازگشت سرمایه و لازمه آن آگاهی سرمایه‌گذار از نحوه و مدت زمان تسلط بر اراضی تحت اختیار است^[۳۴].

علی‌رغم تصویب قانون تشویق و حمایت سرمایه‌گذاری خارجی در سال ۱۳۸۱، به‌دلیل عدم پیش‌بینی مشخص و ارائه راهکار قابل اعتنایی در قانون مذکور جهت واگذاری زمین به سرمایه‌گذاران خارجی، هیچ نتیجه قابل توجهی، و سازمان مناطق آزاد همچنان شاهد وصول درخواست‌های سرمایه‌گذاران خارجی جهت انتقال قطعی زمین می‌باشد که از جمله آن ها درخواست شرکت تأسیساتی نفتی NPCC بود که در نهایت به سرمایه‌‎گذار ایرانی واگذار گردید.

گفتار سوم : قانون نظام صنفی

به موجب ماده (۸۸) قانون نظام صنفی «دبیرخانه‌ هیئت‌ عالی‌ نظارت‌ مکلف‌ است‌ با همکاری‌ دبیرخانه ‌شورای ‌عالی‌ مناطق‌ آزاد تجاری‌ صنعتی‌، نسبت‌ به‌ تهیه‌ آیین‌نامه‌ اجرایی‌ حاکم‌ بر تشکیل‌ و فعالیت‌ تشکل‌های‌ صنفی‌ در مناطق‌ آزاد کشور اقدام ‌کند تا پس‌ از تصویب‌ وزیر بازرگانی‌ به ‌اجرا درآید». با این حال موضوع تهیه آیین‌نامه این ماده قانونی تاکنون اجرایی نگردیده و موجب ابهام در چگونگی فعالیت تشکل‌های صنفی در مناطق آزاد شده است.

گفتار چهارم : منطقه ویژه نظامی

مقررات انتظامی در مناطق آزاد به موجب تصویب نامه «مقررات امنیتی و انتظامی مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی» متفاوت با سرزمین اصلی تدوین شده است. به موجب ماده (۶) این تصویب نامه «تأمین امنیت و آسایش عمومی و ایجاد نظم در قلمرو مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران به عهده نیروی انتظامی است». همچنین در تبصره ذیل این ماده مقرر شده که: «نیروی انتظامی برای انجام مأموریت فوق موظف به تشکیل منطقه ویژه انتظامی برای هر منطقه خواهد بود». با این حال با وجود تأکید قانون برای ایجاد منطقه ویژه نظامی، بنابر اعلام سازمان‌های مناطق آزاد موضوع تشکیل منطقه ویژه نظامی برای مناطق مسکوت مانده و اقدام مؤثری از سوی ناجا صورت نگرفته است. عدم اجرای این امر اجرای آیین‌نامه مرزبانی مناطق آزاد، آیین‌نامه چگونگی اداره اماکن عمومی مناطق آزاد و آیین‌نامه راهنمایی و رانندگی مناطق آزاد را تحت‌الشعاع قرار داده است^[۳۵].

گفتار پنجم : اخذ عوارض شهری

تناقض بین مسئولیت‌های سازمان‌های مناطق آزاد و شوراهای شهر و روستا به یکی از معضلات جدی مناطق آزاد تبدیل شده است که اهم این معضلات به موضوع اخذ عوارض شهری مربوط می‌شود. در این خصوص ، از طرفی اهم فعالیت اجرایی شوراها در تعیین عوارض، صدور مجوز بنا و مواردی از این قبیل تبلور می‌شود و از طرف دیگر به موجب ماده (۱۰) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی وصول هر گونه عوارض در قبال انجام خدمات شهری و غیره به سازمان مناطق آزاد محول شده است^[۳۶]. این ماده مقرر می‌دارد «سازمان هر منطقه می‌تواند با تصویب هیئت وزیران در مقابل انجام خدمات شهری و فراهم نمودن تسهیلات مواصلاتی، بهداشت، امور فرهنگی،‌ آموزشی و رفاهی از اشخاص حقیقی و حقوقی ساکن منطقه عوارض اخذ نماید». همچنین بر اساس ماده (۱۱) این قانون «صدور مجوز برای انجام هر نوع فعالیت اقتصادی مجاز، ایجاد بنا و تأسیسات و تصدی به انواع مشاغل توسط اشخاص حقیقی و حقوقی،‌‌در مورد مشاغلی که متصدی مستقیم ندارند در محدوده منطقه فقط در اختیار سازمان می‌باشد». برای رفع این مشکل در تبصره «۲» ذیل ماده (۱۱۲) قانون برنامه پنجم توسعه اختیارات فرماندار ‌در مورد مصوبات شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطق آزاد به مدیر سازمان منطقه آزاد واگذار شده است. با این حال بنابر اعلام سازمان‌های مناطق آزاد تناقض بین مسئولیت‌های سازمان مناطق آزاد و شوراهای اسلامی شهر و روستا همچنان به قوت خود باقی است.

گفتار ششم : بانکداری و بیمه