درمان  سرطان. 8

 

گیرنده TrkB وعملکردآن. 9

 

Trk B  وسرطان. 11

 

ساختار Trk B.. 12

 

سایتهای اتصال یابنده در رسپتور Trk. 13

 

فاکتورهای نئوروترفیک وعملکرد آنها 13

 

پروتئین BDNFوعملکردآن. 15

 

داروهای مهارکننده Trk B.. 17

 

پپتید درمانی.. 17

 

بیوانفورماتیک… 28

 

فلوسایتومتری.. 29

 

Western Blot 30

 

مواد و روشها 32

 

طراحی کتابخانه پپتیدی.. 33

 

ایجاد اسکلتهای انعطاف پذیر پپتیدی.. 34

 

طبقه بندی پپتیدهای تولیدشده براساس انرژی.. 35

 

انتخاب بهترین پپتیدها براساس انرژی.. 36

 

ایجاد ساختار سه بعدی پایدارترین پپتیدها 36

 

اتصال پپتیدهای طراحی شده باگیرندهTrk B.. 36

 

بررسی اندرکنشهای پپپتیدی و رسپتور. 38

 

بخش ازمایشگاهی.. 38

 

محلولها 38

 

کشت سلولی.. 38

 

پاساژسلولی (sub-culture) 39

 

سلولهای چسبنده. 39 

خرید متن کامل این پایان نامه در سایت nefo.ir

 

 

سلولهای سوسپانت.. 40

 

فریز کردن. 40

 

طرزتهیهFBS دکمپلمان برای استفاده درکشت سلولی.. 41

 

ذوب کردن. 41

 

شمارش سلولی.. 41

 

MTT Assay. 42

 

غلظتهای استفاده شده برای پپتید. 43

 

فلوسایتومتری.. 43

 

استخراج پروتئین.. 44

 

مواد مورد استفاده برای جمع آوری کردن(Harvest) سلول. 45

 

اندازهگیری پروتئین با روش برادفورد. 47

 

مراحل وسترن بلاتینگ… 47

 

آماده سازی ژلSDS-PAGE 48

 

آماده کردن پروتئینها برای Loading در SDS-PAGE.. 50

 

مرحله ترانسفر. 51

 

Preparation of solutions. 52

 

آماده کردن کاغذ pvdf. 53

 

مرحله بلات کردن. 53

 

طراحی کتابخانه پپتیدی.. 55

 

IC50% سلولها 57

 

پیشگویی ساختار سه بعدی.. 58

 

تداخل لیگاند – رسپتور. 59

 

آمینواسیدهای شرکت کننده دراندرکنش… 61

 

نمایش اندرکنشهای گیرنده  Trk Bبا پپتیدهای طراحی شده. 62

 

بررسی اثر توکسیک پپتیدهای سنتزشده با آزمون بقا سلول. 65

 

نتایج فلوسایتومتری.. 71

 

نتایج وسترن بلات.. 77

 

اندرکنشهای پپتیدها و رسپتور. 79

 

بحث.. 82

 

منابع. 90

 

خلاصه فارسی

 

یافته هانشان داد که پپتیدهای طراحی شده دارای  تمایل اتصال بالایی به رسپتور TrkBمی باشند و باعث مهار رشد سلولی در رده سلولی مذکور شده اند و نتایج این مطالعه نشان داد که مهار رسپتور Trk B می تواند به توقف رشد سلول سرطانی منجر شود.

 

 

 

 

 

Abstract

 

 

 

Cancer is the second cause of death after heart diseases in the worlwild.One of the important oncogen proteins is tropomyosin related kinase (TRK) which it’s ligand is brain derived neutrophic factor (BDNF).Over-expression of Trk B was observed in thyroeid, ovarian cancer, prostat cancer and multiple myloma.

 

BDNF bindingto TrkB lead toTrk B dimerization and activation of angiogenesis and increasing proliferationsignalings.

 

The objective of this study is design new peptides againstto Trk B receptor as an inhibitor. Firstly, in sillico section, a peptide library was generated by using tolerance sequence and backrub protocols. Then, peptides were energy minimazed by means Monte Carlo methods. Finally, the highest stabe peptides were choosen based on the lowest energy score in an R package. Three dimensional structures of the peptides were predicted by hyperchem 7 software.Binding pattern of designed peptides with receptore was investigated using HADDOCK web server.

 

 

 

The two-dimentional and 3D view of the interaction of peptides with trk b receptor was visualized by meansLighPlot+ and PyMol softwares. Finally two peptide sequences were synthesized by Cophgen Company in Denmark.

 

In the experimental section, cell linens (skov-3, ov-car-3, U266, PRMI-8226) were treated four concentrations of peptides: 50, 200, 350, 500 nanomolar (nM).The cytotoxic effects of the peptides wereevaluated using MTT assay.